Salah satu, perusahaan start-up asal Perancis, IAGE yang berspesialisasi dalam analisis biologis lingkungan telah menggunakan suatu teknologi untuk mengkonfirmasi suatu kasus lingkungan di masyarakat. Tahun 2020, IAGE melakukan analisis identifikasi strain mutan dan varian SARS-CoV-2 melalui saluran air limbah.
Proyek pertama IAGE sendiri, ialah menganalisis virus pada tiram melalui sampel air danau pinggir laut pada tahun 2017. Selanjutnya, IAGE terinspirasi dari suatu penelitian mengenai aktivitas monitoring sistem saluran air limbah di lingkungan masyarakat menghasilkan pengawasan dini terhadap prevalensi wabah poilo.
Berdasarkan aktivitas beberapa tahun silam tersebut, IAGE menerapkan melakukan hal serupa saat pandemi Covid-19. IAGE melakukan pengujian sampel air limbah di lingkungan masyarakat Perancis untuk menyelidiki adanya infeksi virus Covid-19 di daerah tersebut.
Di samping itu, hal ini dilakukan untuk mencegah penyebaran infeksi virus SAR-CoV-2 di lingkungan padat penduduk tersebut. Seperti diketahui, penyebaran corona virus sangat cepat sehingga diperlukannya langkah preventif sejak dini, misalnya pendeteksian infeksi kasus pertama.
Pendeteksian SARS-CoV-2 dari sampel air limbah ini, menggunakan proses sekuensing DNA dan RT-PCR. Sayangnya, efektivitas teknik yang dimiliki dua teknologi tersebut tergolong rendah. Dengan demikian, peneliti mencoba mengembangkan metode baru melalui digital PCR atau dPCR.
Langkah proses pengujian, yaitu sampel limbah diambil dari sistem saluran air limbah kemudian dianalisis. Setelah itu, peneliti melakukan pengukuran virus SARS-CoV-2 beserta variannya sehingga peneliti dapat menargetkan mutasi-mutasi di dalamnya.
Digital PCR untuk pengujian strain Covid yang bermutasi melalui sampel air limbah
Penggunaan digital PCR, QIAcuity dari QIAGEN membantu tim IAGE dalam menghasilkan kuantifikasi yang tepat dan multipleks pada deteksi mutasi serta ekspresi gen. Tidak hanya itu, QIAcuity dapat memproses lebih dari 1000 sampel per hari.
Dalam pengujian IAGE, pengukuran virus dalam air limbah menghubungkan viral load dalam limbah tersebut dengan pengujian diagnostik. Hasil dari pengujian ini, ditemukan tiga mutasi yang teridentifikasi dalam tiga varian SARS-CoV-2 pada sampel air limbah. Tiga varian yang ditemukan, di ataranya varian Inggris, Jepang, dan Afrika Selatan.
Bahkan, pendekatan analisis yang dilakukan oleh IAGE bergantung pada hasil digital PCR. Hal ini disebabkan, QIAcuity digital PCR memiliki sensitivitas yang tinggi dan dapat direproduksi untuk mengukur jumlah molekul DNA dan RNA dalam sampel.
Oleh karena itu, penggunaan digital PCR dalam penelitian IAGE kali ini menunjukkan hasil yang memuaskan. Hal tersebut, ditunjukkan dengan terdeteksinya satu mutasi dalam urutan yang ditargetkan sangat rendah.
Pun, proses ekstraksi yang dilakukan digital PCR hanya berlangsung dalam waktu 24 jam. Berdasarkan hasil analisis dan pengujian sampel air limbah yang dilakukan, bahwa aktivitas ini dapat membantu mengidentifikasi secara dini perihal adanya infeksi virus di suatu lingkungan.
Reference
