Di abad 21 ini, penggunaan PCR kian marak. Hal ini ditunjukkan, dengan adanya revolusi pada teknologi tersebut. Berawal dari PCR konvensional menjadi Real Time PCR (qPCR) hingga hadirnya digital PCR atau dPCR.
Jika sebelumnya telah diketahui, mengenai perbandingan antara PCR konvensional dengan Real Time PCR atau qPCR. Akan tetapi, adakah perbedaan antara Real Time PCR (qPCR) dan digital PCR (dPCR).
Perbandingan Digital PCR (dPCR) dan RT PCR (qPCR)
Perbandingan teknologi dPCR dengan qPCR berdasarkan perbedaan utamanya, yakni kekuatan presisi. Hal ini disebabkan, keduanya memiliki efektivitas yang sama untuk mendeteksi dan kuantifikasi asam nukleat. Berikut perbandingan antara digital PCR (dPCR) dengan Real Time (qPCR).
| Real-time PCR (qPCR) | Digital PCR (dPCR) |
|---|---|
| Kuantitatif, relatif atau absolut namun kurva standar atau membutuhkan sampel referensi | Kuantitatif, absolut dan tidak ada standar ataupun referensi yang dibutuhkan |
Bulk PCR
| Sample partitioning
|
| Mengukur amplifikasi PCR pada setiap siklus | Mengukur pada akhir siklus PCR |
| Mendeteksi mutation rate >1% | Mendeteksi mutation rate pada ≥ 0.001% (high signal-to-noise ratio) |
| Well-established protocols | Lebih presisi, sangat cocok untuk reproduktifitas yang lebih tinggi seluruh laboratorium |
Berdasarkan hasil analisis Dr. Jim Hugget, peneliti utama di National Measurement Laboratory, , bahwa kedua teknologi tersebut dapat dibandingkan, seperti radio analog vs digital. Beliau pun, menyatakan bahwa sama seperti ketika mencari siaran radio pada radio analog kita mencari stasiun dengan interferensi paling sedikit. Dengan demikian, qPCR dapat berfungsi dengan baik meskipun membutuhkan optimasi agar mendapatkan hasil yang baik dengan sedikit noise.
Berbeda dengan Real-Time PCR (qPCR), digital PCR (dPCR) memiliki hasil biner yang tepat dan dapat menghitung ada tidaknya molekul DNA, sehingga digital PCR memliki kejelasan hasil yang baik. Selain itu, digital PCR memiliki tingkat kesalahan yang rendah sehingga menghasilkan tingkat presisi yang sangat tinggi. Selanjutnya, digital PCR sangat baik digunakan untuk mengukur perbedaan kuantitatif yang lebih kecil.
Di sisi lain, peneliti pun menilai kecepatan, sensitivitas, spesifisitas, dan kemudahan penggunaan pada qPCR. Teknik tersebut, dianggap paling baik untuk melakukan analisis ekspresi gen, deteksi patogen, analisis microbiome, dan microarray validasi data.
Sayangnya, teknologi qPCR menunjukkan kurangnya dalam aplikasi yang membutuhkan akurasi dan sensitivitas tinggi, misalnya analisis copy number variation, deteksi mutasi dan SNP, serta diskriminasi alelik. Untuk itu, penggunaan dPCR lebih disarankan dalam aplikasi tersebut.
Hal tersebut dikarenakan, dPCR tidak hanya mengukur jumlah copy number tetapi juga menunjukkan kuantifikasi yang kuat, seperti toleransi yang tinggi terhadap inhibitor PCR. Bahkan, perubahan efisiensi PCR tidak memengaruhi dPCR. Hal ini ditunjukkan, melalui partisi sampel dan siklus titik akhir di dalamnya.
Meskipun demikian, kedua teknologi tersebut dapat digunakan sesuai dengan aplikasi. Dalam hal ini, teknologi dPCR ataupun qPCR memiliki manfaat dan keterbatasannya masing-masing. Salah satu, digital PCR yang dapat memenuhi kebutuhan laboratorium Anda, yakni QIAcuity Digital PCR dari QIAGEN.
Teknologi digital PCR pada instrument QIAcuity dapat memenuhi pelbagai aplikasi penelitian Anda. Sila hubungi kami di sales@genecraftlabs.com untuk informasi selengkapnya mengenai QIAcuity.
References
