Beberapa minggu lalu, kasus positif Covid-19 mengalami pelonjakan kembali hampir di seluruh dunia. Hal ini diakibatkan, adanya varian virus corona baru, yang disebut dengan varian omicron.
Apa itu varian omicron?
Varian omicron adalah varian baru dari evolusi SARS-CoV-2 varian B.1.1.529. Kasus infeksi pertama varian ini, terdapat di Afrika Selatan pada 24 November 2021.
Berawal dari spesimen yang dikumpulkan saat 9 November 2021 kemarin di Botswana, varian B.1.1.529 terdeteksi. Setelah itu, tingkat kasus positif Covid-19 di Afrika Selatan kian meningkat tajam.
Berikutnya, WHO (World Health Organization) menetapkan varian omicron sebagai variant of concern (VOC). Varian tersebut, memiliki sejumlah besar mutasi yang dapat meningkatkan risiko infeksi ulang dibandingkan VOC lainnya.
Tujuan penetapan ini, agar tiap negara dapat segera memberlakukan pembatasan sosial, perjalanan, dan aktivitas pencegahan. Pun, adanya kekhawatiran pelepasan kekebalan yang berpotensi meningkatkan penularan dibandingkan dengan varian Delta.
Pada 1 dan 2 Desember 2021 teridentifikasinya kasus pertama serta kedua varian omicron di Amerika Serikat. Kasus pertama omicron teridentifikasi melalui seseorang yang memiliki riwayat perjalanan ke Afrika Selatan.
Lain dengan itu, kasus kedua tadi ditemukan pada seseorang yang tidak memiliki riwayat perjalanan internasional. Bahkan, di beberapa negara lain kasus positif Covid-19 varian omicron telah teridentifikasi.
Berikut negara-negara yang mengalami pelonjakan positivity rate di antaranya, Australia, Brazil, Kanada, Hongkong, Israel, Nigeria, Jepang, Swedia, Norwegia, Inggris, dan beberapa negara di Eropa. Akan tetapi, tingkat penyebaran omicron belum dapat diketahui apakah lebih mudah menular dibandingkan variant of concern lainnya.
Di Indonesia, kasus pertama varian omicron baru saja terdeteksi pada 15 Desember kemarin. Hal ini ditemukan, melalui hasil tes dari tiga petugas kebersihan Wisma Atlet, Kemayoran, Jakarta Pusat.
Satu dari ketiga petugas tersebut, dinyatakan terpapar varian omicron berdasarkan hasil genome sequencing di Balitbangkes. Perlu diketahui pula, ketiga petugas kebersihan tadi tidak bergejala dan tengah melakukan karantina di Wisma Atlet.
Mutasi dan vaksin terhadap Omicron
Mutasi varian Omicron tersebar luas di beberapa protein SARS-CoV-2, seperti NSP3, NSP4, NSP5, NSP6, NSP12, NSP14, protein S, protein envelope, protein membran, dan protein nukleokapsid. Salah satu, pusat perhatian dari mutasi omicron, yaitu domain pengikatan reseptor protein S (RBD) yang berdampak potensial pada infektivitas dan resistensi antibodi.
Dengan demikian, antibodi yang berikatan kuat dengan RBD yang menetralkan virus secara langsung. Karena itu, tiap mutasi pada protein S RBD akan menimbulkan kekhawatiran terkait efektivitas vakin yang ada, mAbs, dan adanya potensi infeksi berulang.
Berikutnya, belum dapat diketahui bagaimana proses penyebaran varian omicron. Hal ini dikarenakan, rendahnya jumlah kasus di Afrika Selatan saat pertama kalinya varian omicron teridentifikasi.
Vaksin yang tersedia saat ini, diharapkan dapat melindungi dari gejala yang berat, rawat inap, dan kematian akibat infeksi omicron. Walaupun demikian, adapun kemungkinan penurunan efektivitas vaksin akibat mutasi protein varian omicron. Oleh sebab itu, WHO serta CDC kian menekankan pentingnya vaksinasi dan booster.
Gejala dan keparahan kasus omicron
Gejala yang ditimbulkan oleh omicron kurang lebih hampir sama dengan gejala Covid-19 varian sebelumnya. Tetapi, adanya gejala khusus yang dialami pasien terpapar varian omicron, di bawah gejala tersebut.
- Pusing, ditandai sebagai gejala awal yang kerap terasa nyeri hingga berat dan sakit kepala berdenyut.
- Sakit tenggorokan, yang diakibatkan Covid-19 cenderung lebih ringan dan terjadi tidak lebih dari lima hari.
- Batuk, batuk Covid-19 umumnya berupa batuk kering dan jarang batuk berdahak, kemudian berlangsung sekitar empat atau lima hari.
- Kelelahan, gejala ini hampir mirip dengan varian sebelumnya.
- Tenggorokan gatal, gejala ini sering timbul dibandingkan sakit tenggorokan. Akan tetapi, gatal tenggorokan yang dimaksud, yakni lebih menyakitkan.
Walaupun demikian, untuk menentukan terpapar atau tidaknya Covid-19 hanya dapat diketahui melalui tes Covid-19 yang telah diakui. Di sisi lain, tingkat keparahan yang ditimbulkan varian omicron tidaklah seberat varian sebelumnya.
Tes Molekuler untuk Omicron
S Gene Target Failure (SGTF) ialah pengidentifikasi yang membantu ilmuwan memahami varian Covid. Omicron sendiri, mengandung penghapusan protein lonjakan pada 69 – 70 yang dikaitkan dengan kegagalan target gen S (SGTF). Jadi, saat seseorang melakukan tes PCR, spesimen tersebut mengevaluasi keberadaan gen Covid tertentu, yaitu Spike (S), N, dan ORF1ab.
Sejalan dengan itu, S Gene Target Failure (SGTF) didefinisikan sebagai tes PCR yang mana gen N dan ORF1ab terdeteksi namun, gen S tidak. Berdasarkan hal tersebut, peneliti di Afrika Selatan mengidentifikasi mutasi Omicron.
Tes molekuler yang terdapat saat ini, kerap digunakan untuk mendeteksi corona virus dan identifikasi pelbagai varian. Sayangnya, beberapa dari perangkat tes tersebut tidak dapat mendeteksi varian omicron sehinga mengakibatkan adanya “false negative”.
Meksipun begitu, perangkat dan kit deteksi yang terdapat pada GeneCraft Labs dapat mendeteksi serta mengidentifikasi dengan baik varian Omicron ataupun lainnya. Baca di sini mengenai pernyataan principle kami terhadap kemampuan deteksi omicron.
Sila hubungi kami di sales@genecraftlabs.com tim sales kami dapat membantu Anda untuk menemukan perangkat deteksi terbaik dan perlengkapan laboratorium Anda.
References
