Reagen adalah bahan yang diperlukan dalam suatu reaksi kimia. Dalam metode PCR, untuk melakukan satu kali siklus reaksi sempurna dibutuhkan lima reagen dasar yaitu, DNA/RNA template, DNA polymerase, primer (forward dan reverse), deoxynucleotide triphosphates (dNTPs) dan PCR buffers. Keseluruhan reagen ini umumnya sudah tergabung dalam sebuah reagen kit PCR.
Hal yang membedakan antar suatu reagen PCR dengan yang lainnya adalah primer yang memiliki target yang berbeda-beda. Primer berfungsi sebagai inisiasi awal pada amplifikasi gen target yang ingin diperbanyak. Sehingga setiap reagent PCR umumnya memiliki fungsi khusus yang disesuaikan dengan tujuan penggunanya. Sebagai contoh, reagen PCR untuk deteksi penyakit TBC menggunakan primer yang menargetkan gen pada bakteri TB. Sedangkan untuk medeteksi penyakit AIDS (Acquired immunodeficiency syndrome) dibutuhkan reagen PCR yang memiliki primer yang menargetkan gen pada virus HIV dan begitu pula dengan reagent PCR lainnya.
Bagaimana dengan reagen PCR untuk COVID-19?
Reagen PCR untuk COVID-19 memiliki primer yang berfungsi untuk memperbanyak sekuen nukleotida pada gen-gen virus SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) adalah patogen COVID-19 tergolong kedalam ordo Nidovirales, famili Coronaviridae dan genus β-Coronavirus yang menginfeksi organisme Mamalia. Genom pada SARS-CoV-2 memiliki 82% sequence identity pada sekuen enzim dan >90% sequence identity untuk sekuen protein struktural jika dibandingkan dengan virus SARS-CoV dan MERS-CoV. Genom virus SARS-CoV-2 terdiri dari single strand RNA yang berukuran sekitar 30.000 pasang basa. Dimana dua pertiga dari sekuen genome virus tersebut merupakan pengkode protein non-struktural (ORF1ab) dan sepertiga sekuen genome merupakan gen pengkode protein struktural (Naqvi et al., 2020).
Gambar 1. Ilustrasi struktur virus SARS-CoV-2 dan metode virus menginvasi sel inang.
Secara struktur virus SARS-CoV2 memiliki 4 protein struktural penting yaitu glycoprotein spike (S), glycoprotein envelope (E), glycoprotein membrane (M), dan nucleocapsip protein (N). Glycoprotein spike (S) merupakan protein transmembran yang memiliki berat molekul 150 kDa, berada di bagian terluar dari virus dan memiliki struktur menonjol keluar dari permukaan sel virus. Protein S berperan dalam proses invasi virus ke sel inang melalui ikatan protein S dengan angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) di sel-sel respiratori. Nucleocapsid atau protein N adalah komponen protein struktural dari virus corona yang terletak di daerah retikulum endoplasma-golgi dan secara struktural berikatan dengan materi genetik virus. Umumnya protein N terlibat dengan segala proses yang terjadi pada genome virus. Protein membrane (M) merupakan protein yang berperan dalam menentukan bentuk (shape) envelope dari virus. Terakhir protein Envelope (E) merupakan protein struktural terkecil dalam struktur SARS-CoV-2 yang memiliki peran dalam produksi dan pendewasaan dari sel virus (Naqvi et al., 2020).
Keseluruhan protein tersebut dikode oleh sekuen gen spesifik yang terdapat pada rantai asam nukleat virus SARS-CoV2. Beberapa gen target SARS-CoV2 tersebut telah disarankan oleh WHO diantaranya merujuk kepada protocol beberapa Lembaga Kesehatan di dunia, seperti CDC Cina (ORF1ab dan N), Charite-Jerman (RdRp dan E), dan CDC Amerika Serikat (3 jenis sekuen gen N).
Genecraft Labs menyediakan beberapa jenis reagent PCR untuk deteksi COVID-19, diantaranya sebagai berikut:
- RADI COVID-19 Detection KIT
Reagent PCR ini diproduksi oleh KH Medical, Korea Selatan, dan menargetkan 2 gen virus COVID-19 yaitu gen S dan gen RdRp. Running time dari reagen PCR RADI yaitu 1 jam 53 menit (menggunakan QIAGEN Rotorgene Q) dimana menggunakan volume sampel sebanyak 15 µL dengan total volume reaksi sebesar 30 µL. Interpretasi hasil positif untuk reagen ini yaitu Ct <40 dan satu paket reagent PCR RADI dapat digunakan untuk 100 tes pengujian.
Fluorescence Information
| Target | Reporter |
| S gene | FAM |
| RdRP gene | VIC |
| IPC(Internal Control) | ROX |
Performance Characteristics
| Parameter | Specification |
| LOD | LOD is 0.66 copies/ul. |
| Cross Reactivity | RADI COVID-19 Detection KIT did not cross-react with any of 53 pathogens |
- ABT Multiple Real-Time PCR Kit for Detection of 2019 nCoV Kit
Reagent PCR ABT berasal dari Beijing, Cina, dimana reagen PCR ini mampu menargetkan 3 jenis gen virus COVID-19 yaitu gen ORF1ab, gen N dan gen E. Running time dari reagen PCR ABT yakni 1 jam 51 menit (menggunakan QIAGEN Rotorgene Q) dimana menggunakan volume sampel sebanyak 5 µL dengan total volume reaksi sebesar 20 µL. Interpretasi hasil positif untuk reagen ini yaitu Ct <38 dan satu paket reagent PCR ABT dapat digunakan untuk 48 tes pengujian.
Fluorescence Information
| Target | Reporter |
| 1st tube | |
| ORF1ab | FAM |
| N gene | VIC |
| IC | CY5 |
| 2nd tube | |
| E gene | FAM |
| IC | CY5 |
Performance Characteristics
| Parameter | Specification |
| LOD | 200 copies/mL |
| Cross Reactivity | There is no cross-reaction with other pathogens (Endemic human coronavirus (HKU1, OC43, NL63 and 229E), SARS-CoV, MERSr-CoV; H1N1 (new H1N1 influenza virus (2009), seasonal H1N1 influenza virus), H3N2, H5N1, H7N9, influenza B (Yamagata, Victoria), respiratory syncytial virus A and B, parainfluenza virus (type 1, 2, 3), rhinovirus (type A, B, C), adenovirus (Type 1, 2, 3, 4, 5, 7, 55), enterovirus (type A, B, C, D), hMPV, EBV, measles virus, CMV, rotavirus, norovirus, mumps virus, varicella zoster virus |
Sumber:
