WHO telah menetapkan SARS-Cov2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) merupakan nama dari strain virus corona yang menyebabkan penyakit COVID-19 (Coronavirus Disease 2019). Per tanggal 7 Oktober 2020, di Indonesia total kasus COVID-19 berjumlah 311.000 kasus dengan jumlah total kematian sebanyak 11.374 jiwa. Sedangkan, di dunia total kasus COVID-19 telah mencapai 35 juta penduduk dengan total kematian 1 juta jiwa. Selama pandemi COVID-19, para peneliti serta lembaga kesehatan terus berupaya meningkatkan berbagai metode deteksi penyakit ini. Deteksi virus berbasis kultur sel merupakan metode penting dalam penelitian patologi virus, namun siklus pengerjaan kultur sel yang lama menyebabkan metode ini menjadi tidak relevan untuk deteksi virus secara cepat pada penyakit infeksi akut.
Di Indonesia saat ini yang umum diketahui hanya empat metode deteksi covid-19, yaitu swab test real-time RT-PCR, tes swab antigen, tes serologis antibodi (rapid test), dan tes cepat molekuler (TCM). Saat ini, masyarakat masih banyak yang belum memahami perbedaan antara metode tersebut. Jika dilihat berdasarkan materi yang diuji dan tujuannya, metode deteksi COVID-19 dapat dikelompokkan sebagai berikut:
Baca juga : Apa itu PCR dan bagaimana prinsip kerjanya
Tes Asam Nukleat (RNA)
Materi genetik RNA pada virus corona merupakan salah satu target penting untuk pengujian diagnosis COVID-19. Dengan menggunakan informasi data genome SARS-CoV2 yang telah rilis di database publik, primer serta probe dapat didesain untuk menargetkan gen yang terdapat pada SARS-CoV2. Hingga saat ini gen target untuk deteksi SARS-CoV-2 yakni gen nucleocapsid (N), envelope (E), spike (S), RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) dan open reading frame1ab (ORF1ab). Berikut beberapa metode deteksi COVID-19 yang menerapkan pengecekan materi genetik RNA virus:
1. Real-time RT-PCR
Saat ini di Indonesia metode gold standard untuk diagnostic test COVID19 adalah swab test PCR. Dimana untuk melalui uji ini, pasien harus melakukan tes usap (swab) di area orofaring dan nasofaring untuk menjadi spesimen pengujian keberadaan materi genetik virus SARS-CoV2. Kemudian keberadaan virus dipastikan dengan terdeteksinya keberadaan gen target virus (E, N, S, RdRp, ORF1ab) pada sampel swab pasien tersebut. Proses pengujian menggunakan mesin real-time PCR membutuhkan waktu sekitar 3-4 jam dengan sensitivitas tinggi.
PT. Genecraft menawarkan berbagai macam tipe mesin real-time PCR, antara lain:
- QIAGEN Rotor Gene Q
- QIAGEN QIAquant
- BIOSAN Bioquant
- BRUKER FluoroCycler XT
2. LAMP
Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) merupakan salah satu metode diagnosis COVID-19 yang mampu mengamplifikasi materi genetik lebih efisien dengan waktu yang lebih singkat. Prinsip LAMP yaitu mensintesis gen target menggunakan primer khusus dan penerapan suhu yang konstan (60-65°C) pada mesin PCR konvensional. Metode ini lebih user-friendly karena tidak perlu keahlian khusus dalam pengerjaanya dibandingkan dengan teknik real-time PCR.
Untuk menggunakan teknik LAMP dibutuhkan mesin PCR konvensional (thermo-cycler). PT. Genecraft Labs menyediakan beberapa mesin thermo-cycler, yakni:
- QIAGEN QIAamplifier 96
- SENSOQUEST Labcycler 48 – Gradient Thermocycler
- SENSOQUEST Labcycler Thermocycler
3. Tes Cepat Molekuler (TCM)
TCM merupakan metode cepat uji molekuler tanpa membutuhkan staf ahli untuk pengoperasiannya. Alat TCM memfasilitasi pengerjaan ektraksi RNA dan deteksi real-time PCR gen target dalam satu alat sekaligus dan waktu yang relatif singkat. Alat ini umumnya menggunakan catridge / kaset khusus dan waktu pengerjaan kurang lebih 2 jam.
PT. GeneCraft Labs menyediakan salah satu alat TCM, yaitu LUMINEX Aries.
Tes Antibodi (Tes Serologi)
Antibodi atau immunoglobulin (Ig) merupakan protein berbentuk Y yang diproduksi sel plasma yang berfungsi sebagai sistem imun untuk menetralisir patogen seperti bakteri dan virus. Setelah virus SARS-CoV2 menyerang tubuh manusia, antibodi tipe IgM akan diproduksi selama 5-7 hari setelah infeksi dan antibodi IgG diproduksi selama 10-15 hari dan akan tetap terdeteksi selama berbulan-bulan atau tahunan.
Saat ini di Indonesia tes antibodi dengan sebutan rapid test, dimana prinsip kerja dari tes cepat ini adalah mengambil sampel darah pasien lalu di ujian ke kit reaksi khusus deteksi COVID-19. Kit tes antibodi ini menerapkan prinsip immunochromatography assay (ICA) yaitu reaksi immunologis yang diuji menggunakan chromatografi kertas dengan gaya kapilaritas. Tes antibodi hanya bersifat uji seleksi (screening test), karena pasien yang baru terinfeksi SARS-CoV2 tidak akan terdeteksi langsung menggunakan tes antibodi karena antibodi IgG dan IgM untuk menyerang COVID-19 membutuhkan waktu untuk terbentuk di dalam tubuh.
Tes Antigen
Antigen adalah struktur molekul yang terdapat pada bagian luar patogen yang dapat berikatan dengan antibodi atau sel tubuh inangnya. Virus SARS-CoV-2 memiliki berbagai protein struktural seperti protein S, N, E dan M. Di antara protein struktural tersebut, protein S dan N merupakan target antigen utama untuk antibodi SARS-CoV-2. Prinsip tes antigen ini menggunakan pengambilan sampel usap (swab) pada tenggorokan dan hidung dilanjutkan dengan immunochromatography assay (ICA) sehingga pengerjaan tes ini tergolong tes cepat (rapid). Tes ini memiliki keuntungan lebih sensitif dibandingkan dengan tes antibodi (rapid test) dan lebih murah biaya pengujiannya dibandingkan dengan tes real time RT-PCR.
Genomic Sequencing
Sequencing adalah proses mendeterminasi sekuen asam nukleat (Adenin, Guanin, Cytosine, Timin) pada suatu genome/gen/sekuen organisme tertentu. Metode genomic sequencing pada RNA SARS-CoV-2 digunakan untuk mengetahui dan membandingkan urutan asam nukleat antar virus SARS-CoV-2 yang didapat dari sampel pasien di setiap belahan dunia. Hasil data sequencing virus influenza umumnya dibagikan bersama dalam satu database publik bernama GISAID.org. Berdasarkan database ini para peneliti dunia dapat mengetahui kemungkinan terjadinya perubahan materi genetik virus atau mutasi pada virus SARS-CoV2.
