Digital PCR mengubah sinyal analog eksponensial dari PCR konvensional menjadi sinyal digital linier. Sinyal tersebut sangat berguna untuk mendeteksi patogen, analisis ekspresi gen, pemantauan lingkungan, dan makanan. Bahkan, alat ini telah diterapkan dalam kuantifikasi mutasi sel kemudian, digunakan pula sebagai alat untuk deteksi kanker.
Pendeteksian kanker biasanya, dilakukan melalui pelbagai tes, di antaranya imaging test (CT scan untuk kanker, MRI, rontgen, pemindaian nuklir, dan USG), endoskopi (bronkoskopi, kolonoskopi, laparoskopi, dan sistoskopi), dan biopsi. Tetapi, saat ini deteksi kanker dapat dilakukan melalui DNA yang diperoleh dari cairan tubuh dan feses.
Deteksi kanker dalam DNA cairan tubuh
Pendeteksian DNA melalui asam nukleat dapat dilakukan melalui limbah biologi, seperti urin, feses, darah, air liur, dan cairan synovial (sendi). Hal ini dikarenakan, tumor melepaskan sejumlah DNA genom ke dalam sirkulasi sistemik, melalui nekrosis seluler dan apoptosis.
DNA yang dilepaskan oleh tumor dapat dideteksi sebagai akibat dari perubahan genetik dan epigenetic spesifik pada tumor, yakni perubahan mikrosatelit, translokasi, mutasi, dan metilasi menyimpang. Ketidakstabilan genetik ini, yang menjadi tanda molekuler dalam menentukan sebagian besar kanker manusia pada tingkat molekuler yang dicirikan oleh AI (Allelic Imbalance).
AI (Allelic Imbalance) adalah fenomena dua alel dari gen tertentu diekspresikan pada tingkat yang berbeda dalam sel tertentu. Perlu diketahui, analisis AI berperan penting dalam menjelaskan dasar molekuler untuk deteksi kanker dengan penggunaan penanda mikrosatelit.
Dalam hal ini, AI telah ditunjukkan dalam plasma yang diperoleh dari pasien kanker paru-paru, ginjal, dada, melanoma, dan ovarium. Plasma yang ditemukan beberapa di antaranya adalah neoplasma kecil saat diagnosis tahap awal.
Dengan demikian, deteksi AI dalam plasma merupakan metode yang menjanjikan untuk skrining berbasis populasi. Sayangnya, dalam pendeteksian ini sangat sulit untuk mengukur rasio alelik menggunakan mikrosatelit (penanda) dan DNA yang terdegradasi ke tingkat variabel, namun dapat diatasi dengan menggunakan dPCR.
Deteksi kanker dalam DNA tinja
Selaras dengan aplikasi digital PCR di atas, adapun peneliti yang mengaplikasikan dPCR untuk memeriksa perubahan penanda mikrosatelit dalam tinja pasien kanker proksimal. Kanker ini, berada di usus besar kanan, yang mana sulit dideteksi akibat terletak cukup jauh dari anus saat kolonoskopi.
Hasil dari pengujian tersebut, ditemukan 18 dari 46 kanker memiliki perubahan mikrosatelit dalam BAT26 dan mutasi identic dapat diidentifikasi dalam 17 dari 18 DNA feses. Pasien dengan kanker proksimal, terdapat sensitivitas klinis BAT26 tes DNA feses sebesar 37%.
Lalu, tidak adanya hasil positif dari 69 orang dengan temuan kolonoskopi normal atau di antara 19 pasien dengan adenoma. Melalui pengujian ini, memberikan teknik diagnostic molekuler baru yang menjanjikan untuk skrining kanker kolorektal.
Keunggulan dPCR
Keunggulan dPCR dibandingkan PCR lainnya, yaitu jika dibandingkan dengan penanda mikrosatelit, produk PCR diturunkan dari dua alel SNP di setiap lokus yang berukuran sama. Karenanya, analisis yang dilakukan tidak bias oleh degradasi DNA preferensial dari alel yang lebih besar. Di sisi lain, pendekatan dPCR mengamplifikasi template alel tunggal dalam reaksi PCR secara tepat menenntukan jumlah alel yang akan diuji.
Seperti telah diketahui, proses identifikasi merupakan hal utama dalam deteksi kanker. Untuk itu, diperlukannya perangkat dPCR yang tepat. dPCR yang dapat menjadi pilihan Anda, yakni QIAcuity dari QIAGEN. Berminat untuk memilikinya? sila hubungi GeneCraftLabs melalui kami di sales@genecraftlabs.com
Team kami akan membantu Anda menemukan perangkat dPCR sesuai dengan kebutuhan Anda. Sebagai distributor laboratorium di Indonesia, kami dapat membantu memenuhi perlengkapan laboratorium Anda secara tepat dan cepat.
Reference
